Една от важните му задачи е да помага на обмяната на веществата и по точно на аминокиселините, от които са изградени белтъчините. При недостиг на витамин В6 обмяната се затруднява, а от там идва и метаболитният синдром, който пък води след себе си върволица от проблеми.
Липсата му влияе зле на мозъка, кръвта, кръвоносните съдове, нервната система. Ако ядем много месо и други протеини, за усвояването им се изразходва голямо количество витамин В6 от червата, черния дроб, клетките и се получава недостиг в други части на тялото.